De acuerdo a la vexilología, esa disciplina auxiliar de la   Historia,  que trata del estudio de las banderas en su sentido más amplio, una bandera es símbolo de unidad e implica el compromiso  de una comunidad que se enorgullece de identificarse con esos colores, porque los colores, son mucho más que eso; son el signo de una voluntad compartida de caminar hacia un destino común por el que todos debemos trabajar y comprometernos.

En el caso específico de la Bandera del Colegio Estrada de María Auxiliadora se trata de un estandarte rectangular de amplio vuelo que representa la inmensidad del conocimiento, objeto fundamental del proceso pedagógico del Colegio y la inmensidad del Amor, principio rector de los procesos institucionales de formación integral.

Dos franjas horizontales, segmentan la bandera en partes iguales: una franja superior de color azul celeste y una franja inferior de color rosa.  Estos colores nos hablan de la inquebrantable convicción y Fe Católica del Colegio y son sin duda una gran expresión de la devoción mariana existente por esta Sagrada Imagen.

Desde los albores del arte cristiano se les daba el color azul a las tres personas divinas y el color rojo a las personas humanas. Así Jesús, cuando se le pinta con doble vestidura (túnica y manto), la túnica, –la vestidura interna- es de color azul, porque es Dios, y el manto externo de color rojo, porque se ha revestido de la humanidad. En cambio la Virgen María lleva la túnica de color rojo (porque es persona humana) y el manto de color azul para indicar que su Hijo la ha «revestido» de su divinidad. La tradición cristiana escogió el color azul como color de la virginidad, de la piedad y del cielo. La Virgen María, Virgen y Madre, se la representa tocada con un manto azul, y en muchas de sus advocaciones particularmente María Auxiliadora, presenta una túnica de color rosa por tratarse este de un color formado por la combinación del rojo, que como quedó dicho expresa su condición humana, y el blanco símbolo de su inmaculada pureza. Izar la Bandera del Colegio es un honor que se concede en ceremonias especiales a los estudiantes que se han distinguido por elevadas expresiones académicas o personales.